某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着头绪而闭上眼睛思考，却在睁开眼时发现自己已经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到了梦中的那位美女”阿廉公主…

[捕获]Bee Fighter&Bee Fighter Kabuto和Berobo Cub Tak！共同出演3个主要英雄梦！ [解释] 最大的亮点是该计划以外的三个主要英雄梦想的共同出演！蓝色节拍和啤酒战斗机卡布托出现在cacktack的大捏中，连续的甲壳虫式机器人可以使用！另一个亮点是尚未在电视上发布的机器人军团！ Koenji博士的前竞争对手Tsudanuma博士创建了一个-robo，Berobo Allied Army将进行一场重大战斗！除了Fuumiko Fujitani饰演圣诞老人之外，“Jetman”Rika Kishida（白天鹅），Sayuri Uchida（Blue Swallow），Daisuke Tsuchiya（Blue Beat）的“Bee Fighter”和“ Bee Fighter”和Eika Nakazato的Bee Fighter战斗机Kabuto（Kabuto）。kabuto）也出任特别嘉宾！一场艰苦的战斗之所以可以做，是因为它是一个OV，并且是一个超级豪华的版本，充满了电视上永远无法看到的亮点！ 【故事】 在住宅之前，出现了一个名为机器人的机器人。据说，科恩吉博士对Borobo的坏处表示遗憾，并创造了一个新的A -Obot。但是，这是Koenji博士的假货博士Tsudanuma博士和Jujin被A -Robo抓住的阴谋。一个进入敌人基地以重新销售的卡布塔克。在战斗中，Cobrolanders也参加了A -Robo vs Berobo Big Battle！但是，Tsudanuma博士还派出了大量的-Robo，而Berobo Allied军队被一个人和一只大捏幼崽击败。当时，卷心菜出现了增援部队。它的名字是蓝色节奏和蜜蜂战斗机卡布托。最强的A -robo军团随着超级变化的cacktack和第三名攻击而爆炸！

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

柯南在街头目睹一名正打电话的警察在雨中被射杀，忙将凶手追踪，但凶手逃脱。死者闭眼一刻紧抓左胸，似乎有所暗示。事后柯南从目暮警官口中了解到紧抓左胸是暗示那里有警察手册。不久又有警察手拿警察手册被人射杀于地下车库。对于这两起案件，目暮警官等人一反常态不愿向毛利小五郎及柯南透露太多信息。毛利不甘心进一步追问，白鸟警官只答一句“Need not to know”。该话是警察之间所用的密语，意味这两起杀人事件与警察内部人士有关。
　　柯南、小兰等人参加白鸟妹妹的婚宴，电突然间停掉，那刻小兰正与女警佐藤在洗手间。小兰拿起身边的手电筒欲照明时，一颗子弹射进佐藤身体，小兰吓昏过去。次日小兰醒来，却因怪责自己害佐藤挨枪失去记忆。目暮见事态越来越严重，将秘密说出，原来死去的两名警察正与佐藤一起重查一桩有关医生仁野自杀的案件，该案涉及到警察局长的公子。将局长公子假定为嫌疑人之一时，柯南亦想到佐藤被射杀后宴会上少掉的两个人。

湘北高中的一年级新生樱木花道在初中就有了被50个女孩抛弃的“悲惨”经历，最后一个女孩抛弃他原来是看上了篮球部队小田，由此樱木对篮球更是深恶痛绝。进入高中后，樱木看上了美少女赤木晴子，晴子十分热爱篮球，为了赢取晴子的芳心，樱木决定加入篮球部。在侥幸赢得与篮球队队长赤木刚宪的打赌后，樱木顺利加入了篮球队。随着国中篮球联赛的最有价值球员流川枫的到来、伤愈复出的控位宫城良田以及误入歧途的前国中最有价值球员三井寿的回归，去年不堪一击的湘北篮球今年可谓人强马壮，虽然问题少年一大帮，但是在队长赤木刚宪的带领下，这一群以全国第一为目标的篮球少年正朝着自己的梦想进发！